Cao Hùng Trưng, tác giả sách An Nam chí cho biết: Nhà Minh chia quận Giao Chỉ làm 17 phủ là:

Dưới 17 phủ là 47 châu, 154 huyện, 1 vệ, 13 sở, 1 thuyền chợ[6].

Trong 17 phủ trên, phủ Thăng Hoa thực chất chỉ đặt khống vì khi quân Minh tiến đến Hóa Châu thì vua Chiêm Thành là Ba Đích Lại đã mang quân chiếm lại những vùng đất phải nộp cho nhà Hồ trước đây (năm 1402) là 4 châu Thăng, Hoa, Tư, Nghĩa. Do đó trên thực tế nhà Minh chỉ cai quản Giao Chỉ gồm 16 phủ, địa giới phía nam chỉ đến Hóa Châu.[7]

Năm 1408, Trương Phụ tâu về nhà Minh: Giao Chỉ đông tây dài 1760 dặm, nam bắc dài 2700 dặm.

Để tăng cường quản lý Giao Chỉ, năm 1419, theo đề nghị của Lý Bân, nhà Minh tổ chức lại hệ thống xã thôn thành lý và giáp. Cứ 10 hộ thành 1 giáp do Giáp trưởng đứng đầu; 110 hộ thành 1 lý, do lý trưởng đứng đầu. Tương đương với lý, tại nội thành gọi là phường, tại ngoại thành gọi là sương.

Chức năng chính của Lý trưởng và Giáp trưởng là thu thuế cho chính quyền đô hộ. Họ thường bị ép bức và đánh đập nên khi được giao chức đều rất lo sợ.[6]

Để đảm bảo giao thông liên lạc giữa các phủ, châu, huyện của Giao Chỉ với Trung Quốc, năm 1415, nhà Minh cho mở đường thủy Vĩnh An, Vạn Ninh, đặt trạm tiếp đón tận Khâm Châu; đồng thời cho đặt trạm ngựa đến thẳng phủ Hoành Châu. Trên toàn địa bàn Giao Chỉ có 374 nhà trạm, nhiều nhất là phủ Giao Châu có 51 nhà trạm.